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甲基化指在DNA甲基轉移酶（DNMTs）的作用下將甲基添加在DNA分子中的堿基上，從而影響基因表達的一種常見表觀遺傳現象。
1、高通量——Illumina甲基化芯片
流程簡單，無需進行煩瑣的免疫共沉淀，直接檢測到發生甲基化的準確位點，而不像其它芯片那樣僅檢測到發生甲基化的區段。通量高，可一次性檢測12份樣品，每個樣品最多可檢測450，000個位點。
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2、中通量——高分辨率熔解法（HRM）檢測DNA甲基化
HRM是一種最新的遺傳學分析手段，具有很高的特異性、穩定性和重復性。
HRM目前的熱點應用集中在
- 對未知新突變的掃描、篩查疾病相關突變/SNP掃描、等位基因頻率分析；
- 動植物、微生物等物種及品種鑒定；
- DNA指紋、DNA甲基化分析和研究；
- 器官移植的HLA配型；
- 法醫學鑒定、親子鑒定。
實驗流程
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3、低通量——BSP
針對某一段感興趣基因上可能的甲基化位點，或還不確切知道其位點的實驗，在電泳之后對條帶進行克隆測序，從而得到想要的部分片段的測序結果，通過軟件分析可以知道該片段甲基化發生的確切位點，測序克隆也可以計算其發生甲基化的頻率。
4、技術特點
| Illumina | HRM | BSP |
樣品 | 新鮮組織、血液、細胞，石蠟樣本等生物材料 | ||
DNA用量 | 500ng甲基化后的DNA | 2ug未甲基化的DNA | 2ug未甲基化的DNA |
通量 | 1-12個樣品/slide；每個樣品可檢測27k和450k個位點 | 1-96-384個樣品；每個樣品可檢測幾個位點 | 低通量，位點數少，是甲基化的金標準。 |
數據處理 | 探針注釋、相關性分析、熱圖、與基因表達譜聯合分析以及染色體搜索 | 特異熔解曲線 | 測序報告 |
